Bodrumspor, aynı zamanda kulüpte futbolcu olarak da görev yapan Derviş Görgün tarafından 1931 yılında kuruldu. Kulübün renkleri ilk yıllarında sarı-kırmızı olarak tescil ettirilse de daha sonra yeşil-beyaz olarak değiştirildi. Kulüp, 1995-1996 sezonunda tarihinde ilk kez 3. Lig’de mücadele etmeye başladı. Süre gelen yıllarda Amatör Lig’e düşen ve burada mücadele etmeye devam eden kulüp, 2012 yılından itibaren Bodrum Belediyesi Bodrumspor olarak mücadele etmeye başladı ve 2015 yılında tarihinde ikinci kez 3. Lig’e yükseldi. Başarı ivmesini devam ettiren kulüp, 2016-17 sezonunda ise 3. Lig 2. Grup’ta şampiyon oldu ve 2. Lig’e yükseldi.

26 Kasım 2019 tarihinde Türkiye Ticaret Sicili Gazetesi’nde yayımlanan ilan ile Bodrum Belediyesi Bodrum Spor Kulübü Derneğinin kuruculuğunda Bodrumspor Spor Faaliyetleri Anonim Şirketi kurularak tüm faaliyetler dernekten bu şirkete kaydırıldı. Bu kapsamda takımın liglere katılırken kullandığı isim de “Bodrum Belediyesi Bodrumspor” yerine, “Bodrumspor” olarak değiştirildi.

2021-2022 yıllarında normal sezonu 3. sırada bitirerek Play-Off aşamasına kalan Bodrumspor, finalde Karacabey Belediyespor’u 3-0 yenerek tarihinde ilk kez 1. Lig’e yükselme başarısı gösterdi.

2023-24 sezonu öncesinde ise kulübün ismi “Bodrum Futbol Kulübü” olarak değiştirildi. Kulüp, 2023-24 sezonunda ligi 4. sırada bitirerek Play-Off’larda önce Boluspor’u 2-0, ardından Çorum FK’yı penaltılarda 5-4 yendi. Uzatmalara kalan final maçında Sakaryaspor’u 3-1 yenerek tarihinde ilk kez Süper Lig’e yükseldi.